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http://repositorio.yachaytech.edu.ec/handle/123456789/448| Title: | High prevalence of sulfonamide resistance genes into integrons class 1 and 2 in Salmonella enterica in the Andean Region |
| Authors: | Larrea Álvarez, Marco Andrés Torres Elizalde, Lilibeth del Cisne |
| Keywords: | Salmonella enterica Integrones clases 1 y 2 Genes dfrA IntFinder Comunidad Andina Class 1 and 2 integrons Andean Community |
| Issue Date: | Dec-2021 |
| Publisher: | Universidad de Investigación de Tecnología Experimental Yachay |
| Abstract: | Los genes de resistencia asociados con los integrones pueden movilizarse entre y dentro de las moléculas de ADN. IntFinder, una herramienta bioinformática diseñada para detectar integrones de resistencia en lecturas ensambladas y crudas, se usó para determinar la presencia de estos elementos en secuencias de genoma completo de aislados de Salmonella enterica. Una colección de 1688 de estos aislamientos fue extraída de la EnteroBase; este estudio se centró en países de la Comunidad Andina, Colombia, Ecuador, Perú y Bolivia. Se detectó un total de 688 integrones de resistencia, los de clase 2 fueron los más abundantes (93,31%) seguidos por los de clase 1 (6,69%); no se predijo ningún integron de clase 3. Los integrones detectados se relacionaron principalmente con Salmonella Infantis (ST32) y con fuentes animales, especialmente pollos de engorde. El gen más común fue dfrA14 que confiere resistencia a la trimetoprima. También se detectaron otros genes de resistencia, aunque en menor número, incluyendo los genes aadA y bla. El uso generalizado de antibióticos en la región puede haber influido en la selección de estos serotipos específicos, integrones y genes de resistencia. Estos resultados representan un riesgo para la salud pública debido a la posible propagación de cepas resistentes. La información generada a partir de este estudio in silico contribuye a una mejor comprensión de la dinámica de los integrones de resistencia en Salmonella spp. patógena. Además, esta información podría utilizarse para diseñar programas de vigilancia destinados a controlar y prevenir la aparición de nuevas cepas resistentes. |
| Description: | Resistance genes associated with integrons can be mobilized between and within DNA molecules. IntFinder, a bioinformatic tool designed to detect resistance integrons in assembled and raw reads, was used to determine the presence of these elements in whole-genome-sequenced isolates of Salmonella enterica. A collection of 1688 of such isolates was retrieved from the EnteroBase; this study focused on countries of the Andean community, Colombia, Ecuador, Peru, and Bolivia. A total of 688 resistance integrons were detected, class 2 integrons were the most abundant (93,31%) followed by class 1 integrons (6,69%); no integrons class 3 were predicted. The detected integrons were mainly related to Salmonella Infantis (ST32), and to animal sources, especially broiler chickens. The most common gene was dfrA14 which confers resistance to trimethoprim. Other resistance genes were also detected, although in lower numbers, including aadA and bla genes. The widespread use of antibiotics in the region may have influenced the selection of these specific serotypes, integrons, and resistance genes. These results represent a public health risk due to the potential spread of resistant strains. The information gathered from this in silico study contributes to a better understanding of the dynamics of resistance integrons in pathogenic Salmonella spp. In addition, this information could be used when designing surveillance programs aimed at controlling and preventing the appearance of novel resistant strains. |
| URI: | http://repositorio.yachaytech.edu.ec/handle/123456789/448 |
| Appears in Collections: | Biología |
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