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Title: Study of High-Valent Iron Intermediates in biological and biomimetic systems
Authors: Saucedo Vázquez, Juan Pablo
Cordova Torres, Airina Valentina
Keywords: Oxo-hierro
Biomiméticos
Catalasa-peroxidasa
Compuestos
Feofitina
Oxo-iron
Biomimetics
Pheophytin
Issue Date: Aug-2019
Publisher: Universidad de Investigación de Tecnología Experimental Yachay
Abstract: Los compuestos intermediarios ferrilos son relevantes en los mecanismos catalíticos durante la activación de oxígeno molecular en una amplia gama de metaloproteínas y compuestos sintéticos inorgánicos. En ese sentido, la activación de oxigeno ocurre a través de dos mecanismos de transferencia electrónica del átomo de hierro al oxígeno: esfera interna y esfera externa; es importante recalcar que el mecanismo de esfera externa es el más común en procesos de sistemas biológicos. La presencia de compuestos de hierro-oxígeno en los cuales el metal de transición se encuentra en altos estados de oxidación como intermediarios de reacción (ferril-Fe IV y ferrol-Fe V) hacen que esta reactividad sea un gran reto para un químico, debido a la dificultad que tiene el aislamiento y caracterización de dichas especies. Paralelo a esta investigación sobre sistemas biológicos, una importante rama de la química inorgánica se ha desarrollado, en esta, la síntesis de compuestos inorgánicos con características estructurales similares a los sitios activos de las metaloproteínas son capaces de imitar la reactividad de estas últimas, ayudando a comprender mucho mejor los procesos biológicos.En el presente trabajo se presentan los resultados del aislamiento y caracterización de un intermediario ferrilo generado durante el ciclo catalítico de la enzima bi-funcional catalasa-peroxidasa (CAT2) obtenida a partir del hongo Neurospora crassa. Cabe señalar que nosotros trabajamos con una mutante de la CAT2 en la cual el aminoácido aspartato 120 que es crítico para la actividad de catalasa, fue modificado genéticamente. La caracterización espectroscópica fue llevada a cabo usando UV-Vis y RPE, los resultados muestran que el sitio activo de la proteína preserva el átomo de hierro con la misma estructura electrónica cuando es comparada con la enzima en su forma nativa (HS-Fe III), sin embargo la zimografía demostró que la actividad de catalasa se ve afectada severamente mientras que la de peroxidasa está aún intacta. A través de una reacción con ácido peroxiacético fue posible generar un intermediario ferrilo de manera artificial el cual fue caracterizado mediante espectroscopias UV-Vis y RPE demostrando la presencia de Fe IV y un radical libre en un compuesto que es asignado a especies conocidas como Compuesto I (Fe IV=O Por+.). Por otro lado en un esfuerzo de intentar entender el mecanismo de reacción de esta enzima bi-funcional y otras en las cuales el mecanismo de reacción envuelve la formación de intermediarios ferrilos, en la segunda parte de este trabajo los resultados de la síntesis y la caracterización de un compuesto bio-mimético son presentados. Una de las más importantes contribuciones de esta parte, es la propuesta del uso de la clorofila como una fuente natural para obtener el ligante porfirínico para nuestro compuesto, así, la extracción de la clorofila a partir de la espinaca fue hecha y el átomo de magnesio fue extraído para generar el ligante feofitina. El proceso entero de extracción fue llevado a cabo usando técnicas cromatográficas, demostrando la composición química de los extractos en cada paso por espectroscopia electrónica. Un complejo feofitina-hierro (II) fue sintetizado y caracterizado por medio de las espectroscopias de UV-Vis y RPE, evidenciando la presencia del anillo porfirínico de la feofitina y el hierro (II) de bajo spin. La evaluación de la reactividad del compuesto frente a ácido peroxiacético fue hecha mediante un estudio cinético y espectroscopía RPE, demostrando que el PAA efectivamente reaccionaba frente al átomo de hierro causando la oxidación posterior de Fe II a Fe III. Desafortunadamente, no fue posible aislar un compuesto de hierro en altos estados de oxidación en este sistema inorgánico, sin embargo, el hecho de haber logrado demostrar que el compuesto es capaz de mostrar reactividad frente al ácido peroxi-acético es la base de la construcción de un sistema bio-mimético en el futuro cercano.
Description: Ferryl intermediate compounds are relevant in catalytic mechanisms of dioxygen activation for a wide range of metalloproteins and inorganic synthetic compounds. In dioxygen activation, two mechanisms (inner and outer sphere) for the electronic transfer from iron to oxygen are recognized, from these, outer sphere mechanisms is most studied due to their importance in critical biological process. The presence of oxo-iron compounds with the central atom in high oxidation states (ferryl-Fe IV and ferroyl-Fe V) as reaction intermediates, makes this reactivity an exciting challenge for a chemist due to the difficulty for isolation and characterization of those species. Parallel to the research on biological systems, an important branch of Inorganic Chemistry has been developed in which the synthesis of inorganic compounds with structural characteristics and whose reactivity mimics the active sites of the metalloproteins helps to understand the biological processes. In this work, the results of the isolation and characterization of a ferryl intermediate generated in the catalytic cycle of the bifunctional catalase-peroxidase (CAT2) enzyme of the Neurospora crassa fungus are presented. In particular, we worked with a variant of the CAT2 enzyme in which an amino acid (aspartate 120) critical for the catalase activity of the enzyme was mutated. The spectroscopic characterization by UV-Vis and EPR shows that the active site of the protein preserves iron with the same electronic structure as the native enzyme (HS-Fe III), however, zymography displayed that catalase activity was severely affected while the peroxidase activity may still to be intact. Through a reaction with peroxyacetic acid (PAA) it was possible to artificially generate a ferryl intermediate which was characterized by UV-Vis and EPR spectroscopies, demonstrating the presence of Fe IV and a free radical in a compound that is assigned to the species known as Compound I (Fe IV=O Por+.). On the other hand, in an effort to try to better understand the reaction mechanism of this bifunctional enzyme and others in which the reaction mechanism involves ferryl intermediates, in the second part of the work the results of the synthesis and characterization of a biomimetic compound are presented. One of the most important contributions of this part, is the proposal to use chlorophyll as a natural source for obtaining the porphyrin ligand for our compound, thus, the extraction of the spinach chlorophyll was made and magnesium was extracted to generate pheophytin ligand. The entire extraction process was carried out using chromatographic techniques, demonstrating the chemical composition of the extracts in each step by electronic spectroscopy. A pheophytin-iron(II) complex was synthetized and characterized by UV-Vis and EPR spectroscopies, demonstrating the presence of the porphyrin ring of pheophytin and iron(II) LS. The evaluation of the reactivity of the compound against PAA was made by a preliminary kinetic study and EPR, demonstrating that PAA effectively reacts against iron, causing oxidation of the latter from FeII to Fe III. Unfortunately, it was not possible to isolate a ferryl intermediate in this inorganic system, however, the fact of having demonstrated that the compound is capable of reacting against PAA is the basis for the construction of a biomimetic system in the very near future.
URI: http://repositorio.yachaytech.edu.ec/handle/123456789/103
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