Genomic diversity, transmission dynamics and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in El Oro province (Ecuador)

Abstract

La tuberculosis (TB) es una de las enfermedades infecciosas más importantes a nivel mundial. Comprender la transmisión de MTB es esencial para analizar y proponer estrategias de control, y para controlar la propagación de resistencia a los medicamentos. Ecuador es un país de carga media para la tuberculosis con 7200 nuevos casos por año y 490 muertes asociadas a la TB por año. En esta investigación, los aislados de MTB que circulan en la provincia de El Oro, en la frontera de Ecuador y Perú, fueron estudiados para abordar su posible transmisión transnacional. Setenta y una cepas recolectadas entre los años 2012 y 2016 fueron genotipadas por las unidades repetitivas intercaladas micobacterianas de 24 loci (MIRU-VNTR) y se compararon con las cepas de Ecuador y Perú, respectivamente. Además, esta investigación incluyó un estudio de la prevalencia de resistencia a los medicamentos de las cepas MTB de la provincia de El Oro. El análisis de los resultados del método de genotipificación (24-loci MIRU-VNTR) permite establecer la presencia de cepas MTB relacionadas genotípicamente. Estas cepas formarán complejos clonales y clusters. El análisis comparativo con Ecuador mostró veinte complejos clonales (CCs) que comprenden cuatro CCs entre cepas de El Oro y Ecuador, dos CCs con cepas de El Oro, y catorce CCs con cepas de Ecuador. Mientras que el análisis con Perú mostró veintidós complejos clonales que comprenden tres CCs con cepas de El Oro y diecinueve CCs con cepas de Perú, sin encontrar ningún agrupamiento entre El Oro y Perú. La genotipificación por MIRU-VNTR (24 loci) reveló un (1,41 %) linaje 2 - familia Beijing, veinte (28,17 %) linajes 4 - familia LAM, ocho (11,27 %) linajes 4- familia X, un (1,41 %) linaje 4 - familia S, nueve (12,68 %) linajes 4 - familia Haarlem y trece (18,31 %) linajes 4 - familia T. La resistencia a drogas fue detectada en 42 (59,15 %) aislados, y se encontró que todos tenían resistencia primaria; entre estos; doce (16,90 %) fueron resistentes a isoniacida, nueve (12,68 %) a rifampicina, ocho (11,27%) a estreptomicina, dos (2,82 %) a etambutol, dos (2,82 %) a pirazinamida, y nueve (12,68 %) resistentes a múltiples fármacos (isoniacida y rifampicina). En resumen, los resultados mostraron que no hay grupos entre las cepas de la región fronteriza (El Oro) y Perú, lo que indica que no hay una transmisión activa reciente con Perú en comparación con Ecuador.