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Title: Theoretical study on the Photoactivated anticancer drugs based on platinum coordination compounds.
Authors: Saucedo Vázquez, Juan Pablo
Thibault, Terencio
Cárdenas Cárdenas, Paula Gabriela
Keywords: Photoactivated
Back bonding
Autodock
Spin Orbit Coupling
Docking
Fotoactivacion
Back bonding
AutoDock
Spin Orbit Coupling
Docking
Issue Date: Sep-2020
Publisher: Universidad de Investigación de Tecnología Experimental Yachay
Abstract: El cáncer es la segunda causa principal de muerte a nivel mundial. Diferentes tratamientos como quimioterapia, cirugía o radioterapia se han centrado en nuevos enfoques para un tratamiento más específico y eficaz. No fue hasta 1978 que la tasa de curación del cáncer con cisplatino atrajo el interés de compuestos a base de metales como agentes anticancerígenos. Con el tiempo, se han propuesto nuevas generaciones de diferentes compuestos que contienen metales con citotoxicidad mejorada, con el objetivo de ser tan efectivos como el cisplatino. Con el tiempo, el cisplatino ha presentado algunos obstáculos como la resistencia al tratamiento y su falta de tratamiento dirigido. La nueva generación de fármacos fotoactivados a base de platino conduce a un nuevo enfoque que presenta un tratamiento dirigido, evitando desarrollar resistencia contra él. En este trabajo se estudiaron cuatro complejos prometedores que presentan características comunes en los ligantes para comprender mejor su comportamiento observado como longitud de onda responsable de su fototoxicidad, influencia de la orientación de los ligantes, posibilidad de acoplamiento spin orbita (SOC) y resultados de su interacción con ADN. Con el fin de obtener estos resultados, la contribución de spin orbita se calculó entre estados excitados obtenidos de la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo (TDDFT), teniendo como base a su geometría de singulete optimizada. Con el fin de comparar se obtuvieron geometrías de estados tripletes optimizadas. Los cálculos de TDDFT se llevaron a cabo para complejos libre de azida para conocer su geometría antes de la interacción con ADN. Para la preparación de la muestra para AutoDock, se calcularon las cargas parciales en cada átomo del complejo, esto se realizó en un proceso de dos pasos, basándonos en un blind AutoDock para lograr resultados más precisos. Finalmente, parte de la evaluación de la interacción del ADN y el complejo se llevaron a cabo en un cálculo molecular cuántico (QM) para lograr un mínimo de energía y obtener la mayor interacción posible.
Description: Cancer is the second leading cause of death globally. Different treatment as chemotherapy, surgery or radiotherapy has been focusing on newly approaches to a more targeted and effective treatment. It was not until 1978 that rate of cancer healing whit cisplatin has attracted interest of metal based compounds as anticancer agents. Over time newly generations of different metal containing compound with enhanced cytotoxicity has been proposed, aiming to be as effective as cisplatin. Approved metal based drugs present some obstacles as treatment resistance and its lack of target treatment. New generation of platinum photoactivated drugs leads to a new approach presenting a target treatment and non-resistance developed against it. Four promising complexes, presenting common features in ligands will be studied to a better understanding of its observed behavior as wavelength responsible of its phototocicity, influence of ligands orientation, possibility of spin orbit coupling (SOC) for compounds and docking results with DNA. Aiming these results, SOC contribution was calculated in a time depended density functional theory (TDDFT) excited states computation based on its singlet optimization geometry. For comparison also triplet states of each geometry was obtained. TDDFT calculations were carried out for each complex with the absence of azide in order to know the geometry before DNA docking. To prepare the sample for AutoDock, partial charges on each atom in complex was calculated. AutoDock is a two steps process based on blind AutoDock to achieve a more accurate results. Finally, part of DNA and complex were carried on in a quantum molecular (QM) computation to achieve a minimum of energy and obtain more possible interaction.
URI: http://repositorio.yachaytech.edu.ec/handle/123456789/251
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