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Title: Bayesian filters for parameter estimations in istochastic differential equations mixed-effects models
Authors: Infante Quirpa, Saba Rafael
Quito Mendoza, Brandon Estéfano
Keywords: Filtros bayesianos
Algoritmos PMCMC
Estimación de modelos estocásticos
Modelo SEIR
Bayesian filters
PMCMC algorithm
SDE model estimation
SEIR model
Issue Date: May-2021
Publisher: Universidad de Investigación de Tecnología Experimental Yachay
Abstract: Estimación de parámetros en modelos de Ecuaciones diferenciales estocásticas no es sencilla, excepto para casos simples. Los modelos matemáticos que describen estos sistemas dinámicos de la vida real comúnmente son nolineales e involucran varios parámetros. Un enfoque natural sería métodos de máxima verosimilitud, pero las densidades de transición son raramente conocidas, y por lo tanto no es posible obtener explícitamente la verosimilitud. La estimación y el análisis de sistemas dinámicos (modelos de espacio estado) que incluyen procesos estocásticos permiten hacer inferencia sobre estados y parámetros desconocidos, teniendo un proceso de observación que comúnmente contiene errores. El uso práctico de estos métodos de estimación es muy común, sobre todo por su aplicación diferentes áreas de investigación como es: finanzas, telecomunicaciones, procesamiento de señales de audio, control de procesos óptimo, aprendizaje automático, sistemas de posicionamiento global, sistemas para fenómenos físicos y modelado de brotes de enfermedades infeccionas. Este último es de particular interés para este proyecto. En esta tesis se repasa la literatura asociada a los filtros bayesianos y métodos de aproximación numérica para este tipo de modelos estocásticos como son el método de Monte Carlo secuencial y los algoritmos de filtro de partículas de tipo Monte Carlo cadenas de Markov. Estos filtros recursivos permiten obtener estimaciones de los estados y parámetros ocultos a partir de las observaciones imperfectas en un número finito de iteraciones. Se propuso una metodología basada en el paradigma bayesiano que implementa los filtros recursivos ya mencionados en modelos de sistemas de ecuaciones diferenciales estocásticas con el modelo epidemiológico SEIR y se propone una versión del modelo que incluye efectos mixtos. Se presentan los resultados de la implementación del algoritmo de filtro de partículas en el modelo SEIR de tipo estocástico muestreado con datos reales de la pandemia COVID-19 en Ecuador y se analiza el costo computacional que conlleva. Se presentan los resultados y las conclusiones sobre los mismos.
Description: Estimation of parameters in Stochastic Differential Equations (SDE) models is not straightforward. Mathematical models that describes real life dynamic systems usually are nonlinear type and involve several parameters. A natural approach would be the maximum likelihood methods, however, the transition densities are rarely known, and therefore is not possible to explicitly obtain the likelihood. The inference and analysis of dynamic systems that includes stochastic process allows to estimate unknown states and parameters, including a observation process (state-space models) that usually contains errors. The practical use of this estimation methods is common, specially due to its application on different research topics such as: finance, telecommunications, audio signal processing, optimum process control, machine learning, global position systems, physical phenomena systems, infectious disease outbreak modeling. The last one have important interest in this project. This thesis first show a review of the background of Bayesian filtering, a review of the literature and basic concepts around the same topic and numerical approximation methods e.g., Markov chain Monte Carlo (MCMC) and Sequential Monte Carlo (SMC). This recursive filters allow to perform inference on unknown parameters and states from imperfect observations and with a finite number of iterations. We propose a methodology based on the Bayesian paradigm that implements the mentioned recursive filters in SDE models, in specific the stochastic SEIR epidemic model and a Mixed-Effects model version of this epidemic model is proposed. Results of the inference of the particle filter in the SEIR model with real data from COVID-19 epidemic in Ecuador is presented. Computational cost and other features are discussed, with a general performance conclusion.
URI: http://repositorio.yachaytech.edu.ec/handle/123456789/385
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