Study of classical molecular dynamics of viral proteins

Abstract

La nueva cepa de coronavirus, SARS-CoV-2, puso de manifiesto la falta de herramientas para afrontar los nuevos retos del análisis de estructuras. La comprensión del paradigma secuencia-estructura-función resultó insuficiente a la hora de desarrollar nuevos fármacos basados en moléculas con estructuras y secuencias similares. Por lo tanto, se necesitan estudios exhaustivos de las interacciones y funciones moleculares para comprender los procesos de interacción de las proteínas virales cuando invaden una célula infectada. Las proteínas, cuando participan en procesos fisiológicos, mantienen movimientos que les permiten interactuar con su entorno, estableciendo así una relación entre estructura y función. El análisis del modo normal ha surgido como una poderosa herramienta para dilucidar la dinámica de las estructuras y cómo afecta a sus funciones básicas. Sin embargo, varios estudios han puesto de manifiesto diferentes conformaciones de las estructuras del SARS-CoV-2, lo que puede dificultar el estudio de estructuras significativas. La aplicación del análisis de componentes principales permite clasificar y reducir las dimensiones de las estructuras analizadas para obtener aquellas que mantienen un mejor ajuste. En este sentido, este proyecto de tesis propone un estudio exploratorio del análisis de componentes principales para caracterizar y clasificar las estructuras con mejor acoplamiento a los modelos físicos para posteriormente analizar la influencia de la estructura en su dinámica interna.