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Title: Genetic algorithms for hyperparameter tuning of a DC-UNet Model for medical image segmentation
Authors: Armas Andrade, Tito Rolando
Morocho Cayamcela, Manuel Eugenio
Quiloango Chimarro, Paola Nathaly
Román Eras, Krishna Gautama
Keywords: Algoritmos genéticos
Visión por computador
Genetic algorithms
Computer vision
Medical image segmentation
Issue Date: Nov-2023
Publisher: Universidad de Investigación de Tecnología Experimental Yachay
Abstract: La visión por computador es una rama de la inteligencia artificial que permite a las máquinas extraer información de imágenes y realizar tareas como la segmentación de imágenes, que implica dividir una imagen en múltiples regiones para identificar diferentes elementos. La segmentación de imágenes se aplica en el área médica para ayudar al personal de la salud en el diagnóstico de enfermedades de los pacientes basándose en información visual, y se requiere que tengan la mayor precisión posible. En este trabajo, se utiliza un modelo de visión por computador llamado dual channel U-Net (DC-UNet) para la segmentación de imágenes médicas. Específicamente nos enfocamos en el área de la detección de pólipos que son lesiones que pueden variar en tamaño desde unos pocos milímetros hasta varios centímetros, y la importancia de esta aplicación radica en la identificación temprana para la prevención del cáncer colorrectal. Para entrenar el modelo de segmentación se empleó uno de los conjuntos de datos públicos más desafiantes en este campo, llamado CVC-ClinicDB. Estas imágenes médicas corresponden a fotogramas extraídos de vídeos de colonoscopia, cuyas imágenes de referencia consisten en una segmentación binaria entre el pólipo y el fondo. Además, para aumentar el rendimiento del modelo DC-UNet en este desafiante conjunto de datos, proponemos un algoritmo genético que encuentra la combinación de hiperparámetros óptima para esta aplicación en específico. Finalmente, utilizamos diferentes configuraciones genéticas para estudiar el rendimiento de algunos optimizadores en el estado del arte basados en el gradiente con respecto a esta tarea.
Description: Computer vision is a branch of artificial intelligence that enables computers to extract information from images and perform tasks such as image segmentation, which involves identifying multiple elements as image regions. Then, the application of image segmentation in the medical area is used to assist physicians in disease diagnosis from patients based on visual information, and they are required to have the best possible accuracy. In this work, a computer vision model called dual channel U-Net (DC-UNet) is used for medical image segmentation. Specifically, we focus on the area of polyp detection which are lesions that can vary in their size from a few millimeters to several centimeters, and the importance of this application relies on the early identification for colorectal cancer prevention. One of the most challenging public datasets in this field called CVC-ClinicDB was employed to train the segmentation model. These medical images correspond to colonoscopy video frames, whose ground truth images consist of a fully annotated binary segmentation between polyp and background. Furthermore, to increase the performance of the DC-UNet model on this challenging dataset, we propose a genetic algorithm that finds the optimal hyperparameter combination for this specific application. Finally, we use different genetic configurations to study the performance of some state of the art gradient-based optimizers regarding this task.
URI: http://repositorio.yachaytech.edu.ec/handle/123456789/678
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